Construída en sillería de la primera mitad del siglo XVI, se concluye en el siglo XVII. Antiguamente estaba dedicada a Nuestra Señora de la Anunciación, según se recoge en las partidas sacramentales hasta el 4 de septiembre de 1885. En la visita del Licenciado Gil (1550) se denomina de Santa María.
El templo, de 22 metros de altura, 30 metros de longitud y 13 metros de ancho, consta de una sola nave. De estilo renacimiento con crucería en las bóvedas, pintadas en sus nervaturas e intradós con formas geométricas, siendo visible el estilo gótico en la ventana del sur del primer tramo del templo, sobre la puerta de la Sacristía.
Adosado al muro de la Epístola se encuentra el Salón Parroquial, con construcción de mampostería y ladrillo y bóveda barroca (S. XVIII).
La torre es de forma prismática y tiene 26 metros de altura, está adosada al templo haciendo funciones de contrafuerte. Los materiales de la construcción son similares al conjunto del templo, con piedra de la región.
El retablo del altar mayor se divide en tres cuerpos. En el inferior se encuentra el Sagrario en templete (coetáneo con el segundo nivel del retablo (S. XVII) y sobre él el Expositor (finales del S. XVII), es de madera sencilla, con relieve de Cristo Salvador, faltando en los laterales dos imágenes de acompañamiento, San Pedro y San Pablo? y en los etremos dos cuadros que hacen de banco: uno representa la aparición del Apóstol Santiago en la Batalla de Clavijo, y el otro representa la aparición de la Virgen en el Pilar de Zaragoza, y el martirio de Santiago predicando con la cabeza en la mano.
En el cuerpo central se encuentra una imagen de la Virgen Madre, a su lado derecho la imagen de San Mamés (en otro tiempo patrón del pueblo) y en el lado izquierdo la imagen de San Roque. En el cuerpo superior se halla un crucifijo (S. XVI) y de fondo un cuadro que representa a Jerusalén en el terremoto que tuvo lugar en el momento de la muerte de Jesús. Su estructura es del siglo XVII, rehecha en dos ocasiones hasta conformar el conjunto actual, finalizándose hacia 1680, habiendo intervenido en su realización varios artistas, entre otros Pedro Martínez de la Vega, José de Campos y José de Sayas, en su primer momento y, en un segundo momento conclusivo, Gregorio Delgado, Pedro de Margotedo y Baltasar Tobar.
En las paredes laterales se encontraban cuatro cuadros dedicados a la Virgen de Valvanera, San José, San Juan Bautista, la Virgen Dolorosa...
Entre la imaginería, destacan una imagen de Santa Catalina, manierista de hacia 1541-1549?, probablemente obra de Maestre Anse. El Profesor Julián Ruiz-Navarro Pérez (uno de los autores del Inventario Artístico de Logroño y su Provincia) dice que la talla se encuentra en un deplorable estado de conservación, que la imagen "adopta una postura elegante y serena, con los atributos personales de su martirio, la rueda dentada, la espada y la cabeza del rey moro a sus piés" (Revista BERCEO. Nº 87. Año 1974).
También una Virgen del Rosario, romanista del siglo XVI, actualmente ubicada en el retablo rococó de San José, en la primera capilla del lado de la Epístola. Anteriormente en el retablo barroco de la Inmaculada, en el primeer retablo del lado del Evangelio; el Niño Jesús de la Bola, clasicista de mediados del siglo XVII, en el retablo barroco del tramo segundo de la Epístola; un crucifijo hispanoflamenco de fines del siglo XV que se halla en la Sacristía Vieja, y una imagen del Cristo a la Columna, clasicista del siglo XVII, existente en la capilla del tercer tramo del templo en el lado de la Epístola.
(NOTA: Esta información ha sido extraída de un inventario de la parroquia realizado por el sacerdote D. José Manuel Benito Prior, el 1 de julio de 1956, y puesto al día por el actual párroco, D. Jesús Martínez Cañas, con fecha 20 de julio de 2020)
En uno de los altares laterales se halla la imagen de la Virgen de la Esperanza, del siglo XIII, procedente del Monasterio de San Prudencio. Se trata de la talla más antigua, ya que en el siglo IX había otra ya desaparecida. La actual sirvió como modelo para realizar la imagen que hoy se venera en la Iglesia de Santiago el Real de Logroño. Según relata el ex-Cronista Oficial de Logroño, Jerónimo Jiménez Martínez, en su obra "Nuestra Señora de la Esperanza, patrona y alcaldesa mayor de la muy noble y muy leal ciudad de Logroño" (1987), la relación entre las localidades de Clavijo y Logroño fue tan estrecha que por espacio de siglos "…todos los años los logroñeses con su Ayuntamiento al frente acudían en peregrinación al Monasterio de San Prudencio". En el año 1953 y con motivo de la celebración del Año Mariano, por múltiples lugares de la ciudad de Logroño fueron colocados carteles indicadores de ir a Clavijo, a postrarse "ante la más antigua imagen de nuestra Patrona, la Virgen de la Esperanza".
También, en uno de los laterales del templo, junto a la entrada de la Sacristía se halla la imagen de San Miguel Arcángel, patrón de Clavijo en la actualidad.
1890
1898-1905
1905-1906
1906
1906-1907
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1937-1940
1940-1941
10 de septiembre de 1941-1 de septiembre de1949
1 de septiembre de 1949- 12 de julio de 1951
1951-1954
1954
1955-1956
1 de agosto de 1956- 8 de enero de 1960
8 de enero de 1960- 21 de marzo de 1962
1962-1964
1964-1968
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1969-1971
1971-1977
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1980-1997
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1999
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2018