Clavijo ya aparece en la escritura del voto del Conde Fernán González (“et Claviggo, et rio de Leza”)

Su actual nombre (CLAVIJO) aparece en la Colección del Archivo de Simancas (documentos núms. 225, 229 y 246 del Tomo 6º). Gozó del famoso Fuero de Logroño.

También se conoce que CLAVIJO pasó a pertenecer a Iñigo, hijo de Don Diego Ortiz de Zúñiga, Justicia Mayor del Rey de Castilla, junto con Baños, Huércanos y Bobadilla.

CLAVIJO –según aparece en el Diccionario Geográfico-Histórico de La Rioja (1846), de Angel Casimiro de Govantes-, fue vendido por escritura otorgada en Baños de Río Tobía el 28 de mayo de 1476, en la cantidad de 430.000 maravedís a los Condes de Aguilar, Señores de Cameros, por Don Pedro de Zúñiga, hijo mayor de Don Diego López de Zúñiga, Señor de Clavijo, Nieva, Arenzana, Tobía y Baños.

Formó parte como villa eximida ó de jurisdicción propia, de la provincia de Soria, hasta la creación de la de Logroño, por Real Decreto de 30 de noviembre de 1833.

Pascual Madoz, en su Diccionario Geográfico-Estadístico-Histórico de España y sus posesiones de Ultramar  (hacia 1850) señala que “… le cruzaba el arroyo llamado Regajo, que nace inmediato a la población y desaparece en la misma jurisdicción, en la cual se encuentran varias fuentes de aguas naturales muy exquisitas”.

Las tres principales son las denominadas “Fuente-casa”, “Calofrías” y “Manaderos”, de la primera de las cuales se surtía el vecindario de la población, cruza por la misma el río Yalde que nace en el Serradero y corre en dirección de Sur a Norte, desaguando en el Najerilla en la jurisdicción de Montalvo, en cuyo punto pierde su nombre. No le cruza ningún puente, pero sobre él había tres molinos harineros de una sola piedra por la escasez de agua en el verano no muela consecutivamente: sus aguas por la izquierda bañan a Bezares, y por su derecha a Santa Coloma y Manjarrés.

Cerca del mencionado término de Uñón (hoy Barrio de “La Unión”) se encuentran algunos indicios que confirman la tradición, de haber existido el pueblo de SAN CLEMENTE en el cerro del mismo nombre, cuyos puntos se hallan al Norte del pueblo.